Il Mediterraneo è un mare chiuso e rappresenta un'area di altissimo valore in quanto a percentuale di specie animali e vegetali endemiche, compresa la foca monaca mediterranea il cui rischio di estinzione è altissimo.
Il Mare Mediterraneo ospita alcune delle specie marine più a rischio di estinzione:
La foca monaca, di cui oggi nel mondo ne sopravvivono circa 500 esemplari
La tartaruga marina comune (Caretta caretta), che depone le uova sulle spiagge del Mediterraneo.
Cetacei, ce ne sono 18 specie di cui alcuni possono essere osservate nell'arco di tutto l'anno come il delfino globicefalo, la balenottera, il delfino comune.
Nel Mediterraneo le specie di cetacei più colpite sono il capodoglio e la stenella, con alcune migliaia di esemplari uccisi all'anno.
Secondo il più recente rapporto IUCN - ACCOBAM, dieci specie di cetacei sono regolarmente presenti nel Mediterraneo, tra cui anche una popolazione "mediterranea" di balenottera comune (Balaenoptera physalus).
Ogni anno più di 60.000 tartarughe marine vengono catturate accidentalmente dalle reti, e il 50% di queste non riesce a sopravvivere.
La tartaruga marina comune (Caretta caretta) è una specie carnivora e gli individui attraversano nel corso della vita due diverse fasi ecologiche: all'inizio frequentano la zona superficiale del mare aperto e successivamente si spostano in fondali bassi.
La foca monaca (Monachus monachus) mediterranea una volta viveva in colonie lungo le coste del Mar Nero, del Mediterraneo e dell'Oceano Atlantico dal Portogallo fino al Senegal. Ma oggi si trova a rappresentare uno dei mammiferi più rari al mondo, se ne contano infatti solo circa 500 esemplari, distribuiti tra la Turchia, la Grecia, il Marocco, Sahara occidentale, Mauritania e le Isole di Madeira.
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